Добрый день!
Насчёт проблем с вычетом по счёту-фактуре с завышенной ставкой я бы не стал вводить покупателя в заблуждение. Это вопрос непростой, но в настоящее время как раз можно сказать, что побеждает мнение о том, что право на вычет здесь есть.
Во-первых, есть Постановление Конституционного Суда Российской Федерации от 03.06.2014 № 17-П, в котором, в частности сказано:
Цитата: Как следует из пункта 5 статьи 173 Налогового кодекса Российской Федерации, обязанность продавца уплатить налог на добавленную стоимость в бюджет и право покупателя применить налоговый вычет связаны с одним и тем же юридическим фактом - выставлением счета-фактуры: право покупателя на такой вычет ставится в зависимость от предъявления ему продавцом сумм налога на добавленную стоимость в порядке, предусмотренном данным Кодексом, т.е. посредством счета-фактуры (пункт 1 статьи 169), а обязанность продавца перечислить сумму этого налога в бюджет обусловлена выставлением им счета-фактуры с выделением в нем соответствующей суммы отдельной строкой.
Т.е., говоря простыми словами, если продавец выставил СФ с суммой НДС, то он обязан уплатить его в бюджет, а покупатель получает право на вычет соответствующей суммы НДС.
Правда, судебная практика, как и данное постановление, касается вычета по выставленной СФ с НДС в тех случаях, когда этот СФ вообще не должен был выставляться, но принципиального расхождения с ситуацией, когда указывается более высокая ставка здесь не видно.
Во-вторых, налоговыми органами и судами в последнее время делались попытки поставить под сомнение применимость данного разъяснения из Постановления КС РФ, но совсем свежий судебный прецедент опроверг эти попытки.
Я имею в виду судебный спор между ИФНС и авиакомпанией "Когалымавиа". Авиакомпания пользовалась услугами по обслуживанию воздушных судов, которые освобождены от НДС. Тем не менее, часто поставщики выставляли ей СФ с выделенным НДС, который авиакомпания уплачивала и предъявляла к вычету. Инспекция отказала ей в праве на вычет и доначислила налог, что привело к обращению авиакомпании в суд.
Авиакомпания проиграла все судебные инстанции, пока дело не попало в Верховный суд РФ. Судебная коллегия по экономическим спорам ВС РФ отменила предыдущие судебные решения и встала на сторону налогоплательщика. При этом она сослалась на упомянутое выше Постановление КС РФ, а также на Постановление Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 07.06.2011 № 17072/10 (о чём оно, мне уже смотреть не хочется).
Вот соответствующее определение ВС РФ.
Определение от 24 октября 2016 г. по делу № А40-58052/2015